el 1603 una commissione di varazzesi aveva iniziato una pubblica sottoscrizione per la costruzione di un convento per i frati francescani minori Cappuccini. Così, nel Capitolo Provinciale del 1609, i Superiori deliberarono la sua costruzione. Però, il beneplacito da parte delle autorità ecclesiastiche, si ebbe il 17 giugno 1610; i lavori non ebbero principio che verso la fine del 1613.
La soppressione napoleonica allontanò i Cappuccini da Varazze per quasi otto anni. Il 21 agosto 1818 i frati vi rientrarono con la clausola che si sarebbero interessati dell'istruzione pubblica, aprendo delle scuole.

Nel 1866 i religiosi furono nuovamente espulsi; quindi, il convento passò in proprietà al Municipio che nel 1872 smembrò l'orto per erigervi un vasto edificio ad uso scuole civiche, affidandone la direzione ai Salesiani.
Nel 1894 monsignor Luigi Cerruti fratello del Vescovo di Savona, comprò dal Municipio il convento per restituirlo ai Cappuccini. Nel 1974 fu affidato "ad tempus" alla cura dei Cappuccini di Alessandria che vi ospitarono abitualmente ragazzi della loro parrocchia di Domodossola che avevano bisogno di clima marittimo. In seguito, restando vuoto, a partire dalla fine del 1999, il convento venne affidato ad un custode e le messe festive erano assicurate dai frati cappuccini di Genova.

Purtroppo, vista la carenza di frati da destinare a Varazze e per evitare la chiusura del Convento, a partire dai primi di agosto del 2001 padre Mariano Testa – al tempo Superiore dei frati Cappuccini della Liguria – decise di affidarlo in gestione di comodato ai Padri Missionari "Araldi della Buona Novella". Fin da allora, tutti i giorni, qualche sacerdote ha potuto continuare il regolare svolgimento delle funzioni religiose, mentre l'Ordine Francescano Secolare di Varazze ha sempre continuato le sue attività.

Attualmente vi sono 2 sacerdoti, Padre Thomas Saji e Padre Thomas Ambattu che, oltre ad assicurare la Messa giornaliera, sono di ausilio in altre chiese di frazioni e paesi limitrofi.

In Convento, dal Lunedì al Venerdì, alle ore 15:30 si recita il santo Rosario seguito dalla Messa alle ore 16:00; il Sabato, come giorno prefestivo, segue gli stessi orari. Invece, alla Domenica c'è solo la Messa alle 11:00.

Nella struttura hanno la sede il Gruppo Alpini di Varazze Sezione A.N.A. di Savona, l'Ordine Francescano Secolare (O.F.S.) e il "Gruppo Cantori dei Cappuccini". Alcune persone di questi tre gruppi formano la squadra dei volontari che provvedono all'addobbo degli altari, alla pulizia della chiesa e della zona verde del convento, all'allestimento della pesca di beneficenza dell'8 Dicembre, al Presepe e a tutte quelle attività che richiedono manualità, tempo e buona volontà.

Al momento, il Padre Provinciale dei frati minori francescani cappuccini della Liguria è Padre Francesco Rossi il quale, essendo sempre in missione in Perù e Africa, ha delegato come legale rappresentante Padre Mariano Testa.